Námořní muzeum Cartagena uchovává sbírky různé povahy a různé typologie, spojené s různými obory a disciplínami námořní historie: námořní konstrukce a arzenály, námořní vědy, dělostřelectvo, minová válka, zdraví, uniformy a vlajky, hudba, malba, ponorky, potápění , historie budovy a aspekty související s námořnictvem dnes.

Mezi sbírkami vynikají některé kusy, které mají silné spojení s historií města Cartagena a se starým námořním oddělením Středomoří.

Vyniká cenný odkaz poručíka Isaaca Perala, nádherný model lodi Septentrión z 18. století a rozsáhlá sbírka nábřežních tesařských nástrojů používaných při stavbě lodí v 18. a 19. století.